Les statuts d’Autisme-Europe ont été rédigés afin que tous les pays de l’UE soient représentés au sein du Conseil d’Administration. Une large majorité des membres du Conseil d’Administration d’AE se compose de parents qui ont décidé de représenter leurs enfants ne pouvant se représenter eux-mêmes. En outre, un certain nombre de sièges du Conseil d’Administration sont réservés à des personnes autistes (autoreprésentation). Tous les membres d’AE ont le droit de participer aux Assemblées Générales.
Tous les deux ans, l’Assemblée Générale élit le Conseil d’Administration, qui est alors renouvelé de moitié. Le Conseil d’Administration élit un Président parmi ses membres. Le Président doit être une personne avec autisme ou un parent.
Le président nomme au minimum 5 membres du Comité Exécutif. Le choix du Président est ensuite soumis au Conseil d’Administration pour approbation. Le Comité Exécutif est un organe opérationnel chargé de tous les aspects pratiques en ce qui concerne la gestion d’Autisme-Europe.